Гефсиманский Черниговский Скит расположен на северо-восточной окраине г. Сергиев Посад в нескольких километрах от Троице-Сергиевой Лавры.
Скит стоит на правом высоком берегу ручья, в русле которого были построены несколько плотин, образовавших каскад прудов. Храм Скита построен в двух уровнях. Под наземной церковью Черниговской иконы Божией Матери находится подземный храм Михаила Архангела, заглубленный на 4.5 м ниже поверхности земли. На одном уровне с подземным храмом устроены монашеские кельи.
На нижнем уровне (на глубине около 8.5 м от поверхности) находится помещение с колодцем, из которого монахи брали воду. В двадцатые годы прошлого века систему отвода грунтовых вод разрушили, подземный храм завалили мусором. Уровень грунтовых вод поднялся почти до пола подземного храма, полностью затопив нижний уровень храма.